A Medúza Torpedó majdnem olyan mint egy igazi torpedós játék: ezúttal azonban nem aknák, hanem medúzák segítenek Spongya Bobnak az ellenséges hajók elsüllyesztésében. A játék elején a sárga vagy a rózsaszín medúzák közül választhatunk. A továbbiakban a medúzáink egyikét kell ráhúzni arra a mezőre, amelyről feltételezzük, hogy az ellenséges hajókat rejti. A játékban a géppel felváltva tehetjük ki a medúzákat a táblára.